Flyseteavgiften bekymrer også Widerøe. Ifølge NRK Finnmark kan flere ruter på landsbasis bli nedlagt.
Det gjelder også viktige ruter mellom Hammerfest og Tromsø og mellom Tromsø og Vadsø.
Frykten er at den nye avgiften reduserer trafikken på de kommersielle rutene som må være regningssvarende.